Waqf Amendment Bill के Rajya Sabha में पारित होते ही इसके खिलाफ विरोध शुरू हो गया है। कांग्रेस सांसद मोहम्मद जावेद ने वक्फ संशोधन बिल के खिलाफ सुप्रीम कोर्ट में याचिका दायर की है। उन्होंने कानून को मौलिक अधिकारों और धार्मिक अधिकारों के खिलाफ बताया है। उन्होंने वक्फ संशोधन कानून को मुसलमानों से भेदभाव करने वाला बताया है। वहीं AIMIM के अध्यक्ष और हैदराबाद सांसद असदुद्दीन ओवैसी वक्फ संशोधन बिल के खिलाफ सुप्रीम कोर्ट पहुंच चुके हैं।